Das Ende der Monarchie erschütterte das Gymnasium weniger als die Umstürze von 1938 und 1945. Das humanistische Gymnasium blieb weiter bestehen, allerdings mit einer zu Ungunsten der klassischen Sprachen veränderter Stundentafel. Aus dem Kaiser Franz Josef-Staatsgymnasium wurde das Bundesgymnasium Freistadt – bis 1935 die alte Bezeichnung wieder eingeführt wurde. Die Franz Josef-Büste behielt aber ihren Ehrenplatz auf einem Granitsockel im Vestibül bis 1938. Die Schülerzahl ließ weiter zu wünschen übrig, erreichte aber im Schuljahr 1933/34 einen neuen Rekord: 262 Schüler. Im folgenden Schuljahr sank die Zahl wieder auf 225. Durch die neue Freiheit durften jetzt die bisher verbotenen Mittelschulverbindungen an das Licht der Öffentlichkeit treten. Von den drei Freistädter Verbindungen überlebte aber bis heute nur die katholische Nibelungia-Freistadt, gegründet 1924.
